A classificação das esponjas é feita principalmente com base nas estruturas esqueléticas, nas espículas.
Geralmente as esponjas são divididas em três classes: Calcarea, Demospongiae e Hexactinellida

Calcárias: possuem espículas de carbonato de cálcio que não podem ser diferenciadas em mega e microescleras. São exclusivamente marinhas e apresentam espécies asconóides, siconóides e leuconóide.

Demosponjas: possuem espículas de sílica e de fibras de esponjina. Suas espículas podem ser divididas em micro e megaescleras. Existem demosponjas de água doce e marinhas e sua organização é sempre do tipo leuconóide

Hexactinellida: conhecidas como esponjas-de-vidro, possuem espículas de sílica que podem formar uma complexa rede esquelética. Ocorrem em ambientes marinhos de grande profundidade. As esponjas-de-vidro apresentam tecidos sinciciais - e, portanto, não podem ser classificadas como asconóides, siconóides ou leuconóides.




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